在另一个星球、另一个时空中，一千年前魔水晶遭到了破坏，从此造成了这个魔幻世界黑暗混乱的开始，千年后魔幻世界的三颗太阳将在天空中交会成一直线，如果在这个天文交会时期前，没有将缺陷的魔水晶复原完整的话，握有缺角魔水晶的邪恶史基斯一族将获的长生不老的机会，这样一来魔幻世界里的生物，将陷入万劫不复的地步，而唯一能阻止史基斯一族邪恶力量的重责大任，就落在仅存的葛弗林族人-间的身上.....

一千年前，在斯拉星球上，当真理水晶碎片破碎时，出现了两个新种族：残忍的Skeksis，他们利用水晶的持续腐败来延长生命，而温柔的urRu，通常被称为神秘主义者。他们在石头谷安家，等待命运的降临。神秘主义者的领袖乌苏大师抚养了一个名叫詹的年轻盖弗林，他的氏族被斯克西斯人屠杀了。随着瑟拉三个太阳大交会的临近，垂死的乌尔苏指示珍实现治愈水晶的预言，首先从奥格拉取回碎片。如果Jen未能在三个太阳相遇之前完成他的任务，Skeksis将永远统治。乌尔苏随后去世；Skeksis的统治者skek皇帝在同一时刻去世，Skeksis的王位空缺。内务大臣 SkekSil 和将军 skekUng 在“石头审判”中相互挑战继承权，结果 skekUng 击败了 skekSil。SkekSil 被剥夺长袍并被放逐，而 SkekUng 则被宣布为新皇帝。当 Skeksis 得知 Jen 的存在后，他们派遣巨型螃蟹般的Garthim军队去抓捕他，狡猾的 SkekSil 紧随其后。

Jen 遇见了 Aughra 并进入了她的太阳系仪，她用它来预测天空，她在让 Jen 选择正确的碎片之前解释了合相。在奥格拉解释詹的任务之前，加辛人到达并摧毁了太阳系仪，在詹逃跑时俘虏了奥格拉。听到水晶的召唤，神秘主义者离开山谷返回水晶城堡。在穿越森林沼泽的旅途中，珍遇到了另一位幸存的盖弗林基拉。两人在一次偶然的“做梦”中更加了解了彼此，分享了彼此的回忆。他们和抚养基拉的波德林一家住了一晚，只是为了他们和基拉的宠物菲兹吉格当加辛人袭击村庄时逃跑。他们差点被抓住，但斯凯克希尔介入，阻止加辛人追赶他们。

珍和基拉发现了一座盖弗林废墟，上面有古老的文字，上面描述了这样的预言：

“当一个人闪耀三重太阳时，

什么被打破和撤销

应该是完整的，两者合而为一

要么出自盖弗林之手，要么无人出手。”

他们被斯凯克希尔打断了，他在试图诱骗他们和他一起去城堡时透露了预言是盖尔弗林种族灭绝的原因。但盖尔弗林一家逃跑了，乘坐陆行者到达了城堡，拦截袭击基拉村庄的加辛人。在试图释放被俘虏的波德林时，基拉、珍和菲兹吉格下降到城堡干涸的护城河（基拉有翅膀）并使用地下墓穴进入。但他们被 skekSil 拦截，当他们进一步拒绝他时，skekSil 试图将他们拖到另一个 Skeksis 那里。Jen 挑衅地用碎片刺伤了 skekSil 的手（这导致他的神秘对手，吟唱者 urSol 也受到了类似的伤害）。SkekSil 盛怒之下，将 Jen 埋在一个山洞里，并带走了 Kira。恢复张伯伦职务后，skekSil 将 Kira 交给科学家 SkekTek；她将被吸干她的生命精华，供斯克西斯人饮用并恢复青春。奥格拉，被囚禁在科学家的实验室里，让基拉向圈养的动物求助；他们挣脱了束缚，释放了基拉，同时导致 skekTek 从水晶井中坠落身亡。就在那一刻，skekTek 的神秘对手炼金术士 urTih 在一阵火焰中消失了。基拉（Kira）离开后不久，珍（Jen）到达之前，奥格拉（Aughra）释放了自己。

当盖弗林人在水晶室重聚时，三个太阳开始对齐，而斯克西斯人则聚集在一起参加赋予他们永生的仪式。当他们被发现并且加辛人发起攻击时，珍跳上水晶，但掉落了碎片。菲兹吉格被 skekUng 扔下竖井后，基拉 (Kira) 接住了它，但不久后被奥格拉 (Aughra) 救了出来。基拉将碎片扔回给珍，并被大祭司斯凯克佐克刺死。伤心欲绝的珍将碎片投入黑水晶中，实现了预言。加瑟姆解体，波德林奴隶重新获得本质，而覆盖城堡的黑色石头则崩塌，露出晶体结构。urRu 到达并使用水晶将自己和 Skeksis 融合成他们曾经的样子：天使般的urSkeks。乌斯凯克人的领袖昂吉姆 (UngIm) 向珍 (Jen) 解释说，他们在一千年前错误地打碎了水晶；这样做将他们分成了两个种族，从而消灭了瑟拉。珍的勇气和基拉的牺牲让他们重获新生。乌斯凯克人怀着感激之情复活了基拉，然后提升到更高的存在水平，将真理水晶留给了现已恢复活力的瑟拉上的珍和基拉。