阳光明媚的一天，史瑞克（迈克·梅尔斯 Mike Myers 配音）和菲奥娜（卡梅隆·迪亚茨 Cameron Diaz 配音）正在进行他们的蜜月旅行。在某个未知的叉路口，迷失方向的史瑞克和驴子（艾迪·墨菲 Eddie Murphy 饰）正对着一张地图争论，菲奥娜则被洋葱头做成的马车熏得直流眼泪。稀里糊涂的史瑞克找到一条荆棘丛生的险路，可是特洛尼斯突然出现劫走了菲奥娜。为了营救新婚妻子，史瑞克与驴子一路追踪，来到了一座阴森恐怖的墓园。在这里，他们竟然遭遇了法尔奎德（John Lithgow 配音）的鬼魂。一场生死两界的爱之争夺战由此展开……
　　本片情节介于第一部和第二部之间，系采用4D技术制作。当史莱克和菲奥娜公主在驴子的协助下试图找到他们计划下榻的蜜月酒店时，塞隆尼斯出现并抓住了菲奥娜，史莱克和驴子追赶。当史莱克和驴子在当地墓地搜寻时，法夸德勋爵的灵魂送来了一座石龙雕像从他的坟墓中出来追赶他们并杀死他们。真正的龙赶来救援，导致一场追逐结束，石龙在洞壁上失去了翅膀，掉进了下面的水中。法夸德派菲奥娜乘坐木筏从瀑布上坠落（塞洛尼斯仍在木筏上，没有意识到他应该下车），打算杀死她，以便他们能够统治地下世界一起。菲奥娜成功挣脱了束缚，膝盖击中了塞洛尼斯的腹股沟，导致他从木筏上摔下来。史莱克和驴子不久后赶到，在木筏坠落瀑布之前救了她，但最后，他们四个都掉进了瀑布，只被龙救了，然后龙（在驴子的命令下）向法卡德喷火，似乎又要毁灭他了。龙载着史莱克和菲奥娜前往蜜月酒店，而她和驴子则乘车去度蜜月，制作华夫饼。史莱克和菲奥娜的蜜月被童话故事中的生物打断，但他们还是同意了。在史莱克说“让蜜月开始吧！”后，每个人都庆祝了。然后他打开香槟的软木塞，让其中一位仙女带着软木塞飞了起来。